肛窦炎的临床表现主要是肛门部的坠胀感、灼热感、大便不尽感。最好的治疗方法肯定也是最方便、最能够接受的，当然就是吃药以及肛门局部塞药，但是这样的治疗方法不一定对所有人都有效果。
肛窦炎比较轻的情况下可以采取上述方法，可以口服消炎药，比如左氧氟沙星片、头孢哌酮片、头孢替胺片等等抗生素，同时肛门局部塞甲硝唑或者替硝唑栓配合马应龙麝香痔疮膏塞肛，起到治疗作用。
比较严重的情况口服消炎药以及肛门局部塞药效果可能不好，这时需要配合中药内服，内服的中药一般就是清热解毒药，有大青叶、板蓝根、金银花、野菊花、栀子等清热解毒的药。
有的患者比较严重，用中药内服之后效果还不好，到肛肠科去检查医生发现患者可能肛窦炎确实比较厉害，用药没有效果，这时可能就需要做手术。
所以一般都采取最便捷也最方便的方法，先用中药或者西药或者肛门局部塞药，通过保守治疗，如果没有效果最后才会采取手术治疗。