红霉素软膏和金霉素软膏同属于皮科外用抗生素，剂型相同，适用于浅表皮肤感染，主要用于脓疱疮等化脓性皮肤病，轻度小面积烧伤以及溃疡面的感染。但所含的有效成分属于不同种类的抗生素，作用机制不同，对不同致病菌的敏感性也有所区别。
红霉素属于大环内酯类抗生素，作用机制是通过细菌细胞膜，与细菌核糖体的50S亚基可逆性的结合，使细菌蛋白质合成受到阻碍。金霉素为四环素类抗生素，作用机制为特异性地与细菌核糖体30S亚基结合，抑制肽量的增长和影响细菌蛋白质的合成，使用时可以根据致病菌的不同，选择更适合自己的药物。