尖锐湿疣主要的病原体是人类乳头瘤病毒，简称是HPV。它是最小的一种DNA病毒，这种病毒的颗粒直径是50—55nm，它的分子量是50000kD，是由72个壳微粒组成的立体对称的正十二面体。它的病毒能够耐受干燥，可以长期的保存。在肝油中和零下20℃的时候，至少可以存活2—5个月。
用现代分子生物学技术已经可以将HPV鉴别出一百多个亚型，不同型别的HPV在不同的部位可以产生不同类型的损害，如扁平疣、寻常疣、鲍温病和尖锐湿疣等。已经发现和尖锐湿疣有关的型别达到34个，最常见的HPV有6型、11型、16型和18型，它们与尖锐湿疣有密切的关系。
人体是HPV唯一的自然宿主，HPV只能在人体存活的组织细胞内以复制的方式进行繁殖，无法在体外的组织培养或组织细胞中成长，也不能在试验动物中接种成长。HPV除了引起疣状增生外，还具有致癌性，有许多证据表明HPV感染和宫颈癌的发生有密切的关联。