食管癌的发病原因很复杂，很多原因并不清楚。霉菌的感染，可能是食管病发病的主要原因。有一些地区，人们喜欢吃酸菜或者是霉变的食物，这样的食物有可能就会增加食管癌发生的几率。有些人喜欢吃刺激性的食物，包括喜欢喝比较烫的水、喜欢吃槟榔都能增加食管癌的发病率。近来有些观点认为食管癌的发生可能与病毒的感染有关系。总之，食管癌的发病原因目前并没有完全搞清楚。