食管镜和胃镜都是消化内镜的一种，这两个内镜检查侧重点不同。食管镜主要检查食管内病变，包括食管炎、食管癌、食管静脉曲张、食管息肉，食管镜还可以在镜下进行内镜下处理，包括食管息肉的切除、食管异物的取出、食管静脉曲张的内镜下治疗。胃镜除可观察食管外，还可以对胃内病变及十二指肠病变进行细致的观察，食管镜可进行的操作，胃镜下均可进行。
此外，胃镜还可以对胃内的病变，如胃息肉、胃出血等疾病进行内镜下处理。胃镜还可以对十二指肠球部及降部进行全面观察，所以现在胃镜的作用远远大于食管镜，胃镜是临床最为常用的内镜检查。