香砂六君子丸具有益气健脾、和胃的功效，用于治疗脾虚气滞、消化不良、嗳气食少、脘腹胀满、大便溏泄。它是由可以芳香醒脾、理气止痛的木香，可以健脾和胃、理气散寒的砂仁，可以益气健脾、补中养胃的党参、大枣，可以健脾燥湿的白术，可以渗湿健脾的茯苓，可以调和诸药的炙甘草，可以理气和中的陈皮，可以化痰止呕的制半夏，可以温中止呕的生姜，组成的纯中药制剂。
药理学研究显示，此药具有抑制炎症反应、减轻胃黏膜损伤、改善脾虚症状等作用，服药期间禁食生冷、油腻、不易消化的食物。