肛周脓肿手术有可能会复发，复发率在2%-5%之间。由于腺体感染及皮肤黏膜缺损、破溃引起，形成局部脓液积聚而导致肛周脓肿，可分为两种情况：一种是以切开引流，缓解红、肿、热、痛症状，并在引流手术中查到病的来源，就是可以一并切除，这种复发的可能性会小点；另一种在手术中没有找到脓肿的来源或只是切除了一部分，就有可能会复发。
手术后复发有几点：一种是肛周脓肿部位太深、太大，术后炎性物质没有引流完而复发；另一种是粪便中的细菌感染了手术创面，形成了二次感染。手术后要及时换药，注意清洁卫生，不能吃辛辣刺激性的食物，这样会有利于病情的康复。