临床上常用30%的冰醋酸治疗灰指甲，醋的酸性浓度只有5%左右，因此达不到治疗灰指甲的效果。蒜也有抗真菌的作用，但由于指甲过度的角化上皮，蒜很难进入到指甲内，因此治疗灰指甲效果不好。
灰指甲也称为甲真菌病，是指真菌感染甲板或甲下引起的疾病。甲真菌病由于甲板的角化，药物不易透入，一直是治疗的难点。近年来由于唑类药物、丙烯胺类药物的问世，甲真菌病的治疗有了很大的进展。
甲真菌病的治疗可以口服药物、外用药物或手术拔甲。由于手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲需要100天，而脚趾甲大约需要300天，所以治疗甲真菌病必须要有耐心。
口服药物适用于多个指甲的甲真菌病，口服药物连续治疗四个月以上，可以治愈80%以上的甲真菌病。但是由于这类药物必须达到真菌所寄生的甲板处，才能发挥抗菌作用，用药量大，用药时间长，因此应定期监测药物不良反应。
外用药物，例如30%的冰醋酸或10%的冰醋酸泡病甲，每天一次，要坚持3-6个月以上。目前也可以口服抗真菌药，配合外用的治疗灰指甲的药物，例如特比萘芬酊、阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺酮甲涂剂等联合应用，均可以达到或得到非常好的疗效。