益生元和益生菌都是用来调节胃肠道菌群的，但是有区别的。首先益生元是一种膳食补充剂，是通过选择性的刺激有益菌的生长和活性而对宿主产生有益的影响。益生菌其实是一种活的对胃肠道有益的微生物，益生元的本质其实不能够被宿主消化，无活性的低聚糖类物质是作为益生菌的养料，促进益生菌的生长繁殖，保证机体健康。而益生菌的本质是外部添加，是一种对动物有益的细菌，可直接作为食品添加剂来吃，以维持肠道菌群的平衡，是具有生物活性的有益菌统称。
益生元不能够直接对机体作用，而是通过刺激细菌的生长来发挥其功效，因为不能被人体消化而进入胃肠道内，通常是用于喂养益生菌，间接促进肠道的健康。益生菌则是外源的细菌，可以直接作用于肠道，维持肠道菌群的平衡。因此益生元和益生菌是不同的，而益生元实际上是有益细菌的养料，而益生菌是一种活的对肠道有益健康的微生物。