男性进行支原体、衣原体检查的方法：1、收集尿道分泌物，适用于尿道分泌物相对比较多的患者，挤压尿道以后使用无菌试管收集尿道内出来的分泌物后进行支原体、衣原体的培养，就可以得到相应的结果。2、尿道棉签拭子，对于怀疑存在非淋球菌性尿道炎的患者，可以使用棉签伸入尿道以后，收集尿道内比较少的分泌物进行相关的支原体、衣原体培养。3、可以通过尿液的PCR检查来确定有无支原体、衣原体感染，需要收集尿液的标本进行支原体、衣原体核聚增扩增试验，进一步明确是否存在支原体、衣原体感染。原则上建议最好能留取标本，这样分泌物检查结果的准确性相对比较高，而尿液的PCR检查有一定的误差。