心房扑动的治疗原则包括两方面，第一是减慢心室率，转复并且维持窦性心律。第二是预防血栓栓塞，减少脑卒中。具体的措施包括以下几方面。
第一是控制危险因素，由于风心病的发病率逐渐降低，非瓣膜病原因就成为主要的致病因素。目前主要的病因包括肥胖、酗酒、甲亢、慢性肺病、非瓣膜性心脏手术等等。控制以上危险因素可以取得明显的临床活力。
第二就是减慢心室率或转复并维持窦性心律。在这方面可以通过三个途径：
第一是电转复，包括了体外直流电复律、体内的电转复以及经食道心房调搏。
第二是药物治疗，包括了药物复律以及预防复发，可以选用的是一类和三类的抗心律失常药物。但是对于有器质性心脏病的防护患者，一系列的药物具有明显的抑制传导，加重负性肌力的作用，需要谨慎的使用。
第三是通过导管消融，导管消融是一种有效和安全的治疗方法。包括射频导管消融以及冷冻导管消融。
第三大点就是预防血栓栓塞减少卒中的发生。目前对于心房扑动的抗凝治疗的策略与心房颤动是相同的，同时要考虑到患者并发出血的风险。