头骨凹陷的原因相对比较多，具体如下：
一、最常见的就是头部外伤性质的改变，有的时候遭受到颅骨骨折，如果在后期不进行手术治疗，有可能就会出现头骨凹陷。
二、可能支配此处的神经、血管有一部分断裂或者损伤，造成肌肉萎缩，间接表现为头骨萎缩、凹陷。
三、不排除肿瘤性质的因素，因为颅内有一部分肿瘤可能会侵袭骨质，比如脑膜瘤或者脊索瘤等，这个时候也可能会造成头骨凹陷性质的改变。因此，建议患者明确相应检查，才能有更加准确的解释，而且成人、孩子、老人等都有一定的诱因。