宫内膜异位症治疗的根本目的，是缩减和祛除病灶、减轻和控制疼痛、治疗和促进生育、预防和减少复发。首先，可以用期待疗法，适用于轻度的内膜异位症，采用定期随访、对症处理病变。引起轻微的经期腹痛，可给予前列腺素合成酶抑制剂，如布洛芬等。希望生育的，尽早促其妊娠。一旦妊娠，异位内膜病灶坏死、萎缩，分娩后症状缓解并有望治愈。药物治疗方面，包括抑制疼痛的对症治疗，还有抑制雌激素合成、使异位的内膜萎缩、阻断下丘脑-垂体-卵巢轴的刺激和出血周期为目的的性激素治疗。口服避孕药，长期连续服用避孕药，造成类似妊娠的人工闭经，称为假孕疗法，适用于轻度的内异症患者。还可以单用人工合成的高效孕激素，通过抑制垂体促性腺激素分泌，造成无周期性的低雌激素状态。另外，还有孕激素受体拮抗剂，如米非司酮、孕三烯酮、丹那唑等。