牛黄解毒片的副作用包括引起消化系统的症状，如腹泻、腹痛、恶心、呕吐、口干、胃部不适，有可能引起肝脏生化指标异常，及消化道出血。还有可能引起皮肤症状，如皮疹、瘙痒、面部水肿等，以及出现重症药疹、大疱性表皮坏死松解型药疹，过量或长期使用可能会出现皮肤粗糙、增厚、色素沉着等砷中毒表现。
牛黄解毒片还有可能引起精神神经系统的症状，如头晕、头痛、嗜睡、失眠等，以及会引起过敏样反应、过敏性休克等，还会出现心悸、呼吸困难、胸闷、血尿、急性肾损伤等，长期使用会导致砷中毒。由于牛黄解毒片中含有雄黄，不可超剂量或长期服用，有连续用药半年以上出现砷中毒的情况，不宜与含雄黄的其他药品同时服用。