绝大部分情况下肠镜可以查出直肠癌。目前肠镜是用来诊断肠道相关疾病非常重要的辅助检查之一，大约有70%-75%的结直肠癌位于距离肛门缘25cm以内，应用乙状结肠镜就可以观察到病变，距离25cm以上的直肠癌则可以用导光纤维结肠镜检查。
做肠镜时还可以进行照相、活检以及刷检涂片做病理细胞学检查，可进一步明确诊断肠癌。极少情况下，比如肠癌处于较早期，肿瘤较小或者肿瘤生长在肠道肌层，肠镜检查不易发现肠癌，有可能会出现漏诊、误诊的情况。