支原体和衣原体的区别在于以下几点：
第一、支原体能够独立活动、自行繁殖，不需要寄生于其他生物细胞体内，能够在体外培养基上生存和培养。而衣原体是严格寄生于细胞内的原核细胞型微生物，不能够产生能量，需要利用宿主细胞产生能量，在体外培养基上不能够培养。
第二、支原体虽然能够独立生存，不需要依赖生物细胞，但是没有细胞壁，所以对于β-内酰胺类抗菌药物作用于细胞壁，对于支原体是无效。而衣原体虽然是严格的细胞内寄生微生物，但是它有细胞壁，作用于细胞壁的某些β-内酰胺类抗菌药物，对衣原体有效。