胎儿脑积水的原因主要是先天性因素导致的，有一些是先天性的基因突变导致胎儿产生脑积水。有些是因为化学、物理因素，特别是在怀孕期间，受到辐射，受到化学药物的刺激，引起的基因突变，导致脑发育不全，形成脑积水。一般会导致脑室系统扩大，明显的头围增大。另外，影响脑发育，导致出生后智力下降。另外，出生后容易引起头颅的异常增大，影响进一步的脑生长，导致胎儿出现智力下降、行走不稳。