怀孕5周有褐色的分泌物是不正常的，是阴道流血。最常见的原因就是先兆流产和生化妊娠，以及宫外孕、葡萄胎等。停经5周，如果做阴道彩超是可以看到孕囊的，如果看不到孕囊，就不能排除宫外孕的可能。
如果是生化妊娠，可能会出现阴道流血比月经量稍微多，一般3-7天就会干净。如果是宫外孕，需要尽快的住院治疗；如果是葡萄胎，也需要住院刮宫治疗。如果是先兆流产，必须要保胎治疗，但是需要查血HCG和孕酮的数值，如果低的话，可以用孕激素保胎。