生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染所引起的一种炎症性复发性的性传播疾病，所以生殖器疱疹主要的传播途径是通过性行为、性接触传播，包括异性的性行为、同性的性行为以及类似性的性行为都是有可能传染生殖器疱疹的，具体传染源是感染单纯疱疹病毒的生殖器疱疹患者或者亚临床无表现的单纯疱疹病毒携带者、排毒者是主要的传染源。
如果与之发生了密切的性接触，而自身的皮肤黏膜又存在着轻微的破损或者裂隙，疱疹病毒就可能侵入局部的表皮细胞中，在其中复制、繁殖，引起细胞损伤，出现疱疹表现。此后疱疹病毒还可以潜伏到局部的神经节当中逃避机体免疫系统的监视，建立潜伏感染，等以后机体免疫力下降的时候，它们可以再次的复活，沿着神经到达皮肤黏膜，引起疱疹的复发。