肝囊肿的最佳治疗时间主要取决于囊肿的大小，是否引起相应的压迫症状，是否出现了相应囊肿内异常的出血、感染、胆瘘的情况。如果都没有，肝囊肿只需要定期复查、随访即可，并不需要特殊的治疗。
囊肿大于五公分以上，有相应的压迫症状时，此时可以考虑治疗。不进行积极的治疗有可能囊肿过大，压迫症状更加明显，或者囊肿内会出现相关的异常改变，此时就是最佳的治疗时间。在囊肿出现更严重的病变前，并且又有相应的轻微症状时，给予及早的治疗，才能够有效缓解症状。
治疗的方式可以选择穿刺抽液或者开腹的腹腔镜囊肿开窗手术。