牙龈肿痛、萎缩是由于牙龈发炎，甚至形成了牙周炎造成的，是细菌感染的结果。在进食以后如果没有认真刷牙，在牙面上就会沉积一些食物残渣、软垢，很快在牙面也会形成获得性薄膜，薄膜上附着了细菌，薄膜就变成了菌斑。
牙菌斑上附着的细菌，还有原有的牙石上附着的细菌，就可以利用食物残渣、软垢，产生一些毒素或者酶类刺激牙龈，引起牙龈红肿、疼痛、出血。也可以刺激牙槽骨，使牙槽骨发生吸收。牙槽骨高度降低，附着在牙槽骨上的牙龈也会随着退缩，就会出现牙龈萎缩。有的是牙槽骨高度降低，出现牙龈萎缩。也有的是牙龈炎出现肿胀，体积增大，在牙龈炎症控制以后，牙龈体积缩回到正常的大小，就感觉牙龈像是萎缩。