扁桃体发炎有可能会出现头疼，原因包括扁桃体发炎引起炎症性疾病，及疼痛放射到头部，具体如下：
第一、诱发炎症性疾病：扁桃体发炎如果没有及时控制住，诱发患者出现全身的炎症性疾病，可以出现发热。一旦发热之后，可以导致患者全身交感神经兴奋，产生大量的儿茶酚胺类物质，扩张头颅部血管，可以导致患者出现头痛。
第二、疼痛放射到头部：扁桃体发炎的时候患者会出现咽部明显的疼痛感，当病变越严重的时候疼痛感越重。这种疼痛感可以通过神经放射到头部，诱发患者出现头疼的情况。
临床上扁桃体发炎引起头痛大多数是病情加重的表现，需要完善血常规、耳鼻喉科的常规检查，临床上需要加大抗炎等对症治疗处理，避免病情进一步严重。个别患者扁桃体发炎如果没有控制住，有引起颅内感染的可能，当然目前这种情况比较少见，但在临床上也需要提高警惕。