一般情况下，黏液腺囊肿不能自愈，需采取摘除的措施处理。
因为囊肿是由囊壁和囊液组成，如果囊壁破裂，囊液流出，又未将囊壁摘除。一旦囊壁愈合，囊壁上皮仍然会分泌黏液，囊肿会重新复发，本身不能自愈，所以得了黏液腺囊肿需要将囊肿和引起囊肿的腺体一并摘除。常见的黏液腺囊肿，有下唇的黏液囊肿和舌下腺囊肿。下唇的黏液囊肿，需要在局麻下将囊肿和引起囊肿的唇腺一起摘除，才能防止复发。舌下腺囊肿需要将囊肿和舌下腺一起摘除，在摘除舌下腺的时候，需要注意保护舌神经和下颌下腺导管，避免对其造成损伤。
建议患者平常应注意保持口腔清洁，常用淡盐水漱口，戒除烟酒，生活起居有规律，保证充足的睡眠。坚持体育锻炼，饮食清淡，多吃蔬菜、水果，少食辛辣、煎炸等刺激性食品。