尖锐湿疣的治疗可以用物理方法、二氧化碳激光、电灼或冷冻去除疣体，辅以外用干扰素凝胶抗病毒，咪喹莫特乳膏外用也可以使疣体消除。同时服用增强免疫药物，比如胸腺肽、转移因子、左旋米唑、黄芪颗粒等。免疫力增强可以降低复发率。目前比较好的方法，还有艾拉-光动力疗法，采用光敏剂5-氨基酮戊酸外敷，然后予以红光照射，1周1次，可以清除潜在的感染灶，降低复发率，尤其适用于尿道口和宫颈的尖锐湿疣。另外，合并有其他阴道炎和其他性病时，要同时治疗。