肛门上方发生疼痛，需要先明确诊断并寻找到原因。肛门上方发生疼痛，最常见的就是有肛周脓肿。其属于肛门周围感染化脓性的疾病，会有鼓胀样的疼痛，肛周脓肿在诊断明确之后需要通过手术的方法进行治疗。另外，要排除有没有肛裂。肛裂发生疼痛是撕裂样的疼痛，往往会伴有大便干燥。先进行药物的保守治疗，可以使用中药进行熏洗和坐浴，然后就是使用硝酸甘油软膏进行治疗。如果经过药物保守治疗效果不理想的时候，也可以考虑通过手术的方法进行治疗。肛门引起疼痛的常见原因就是有皮脂腺或者毛囊发生局部感染，如果是这种情况可以考虑消炎药物的对症治疗，局部碘伏液消毒，然后使用红霉素软膏进行涂抹。