导致牙龈有脓包的原因之一是牙周脓肿，另外是由于牙齿的根尖周炎造成的。口腔卫生不良的人多患有牙周炎，产生深牙周袋，牙周袋里存积大量的牙石和牙菌斑。当机体免疫力低下或者牙周受到局部刺激的时候，会引起牙周脓肿。牙周脓肿急性期需要用双氧水、生理盐水反复冲洗牙周袋，局部上碘甘油、盐酸米诺环素消炎。等急性期过后需要做系统的牙周治疗，包括超声洁治术、牙周刮治术、根面平整术。
患有慢性根尖周炎的牙齿，根尖周会产生炎症的渗出和脓液，造成骨组织吸收，在牙龈处出现排脓的通道，相应的牙龈会有红肿、牙痛，有脓包和炎性息肉的出现，这种情况需要做根管治疗，去除根管内感染的牙体组织，根尖周炎症可自行吸收，牙龈脓包也会逐渐消失。