对于女性尿路感染的治疗，常常是根据单纯性的尿路感染还是复杂性尿路感染，采取不同的治疗策略。女性单纯性尿路感染可采用经验性治疗，选用有效的抗生素和中成药，治疗两周左右往往可以达到治愈的目的。
如有复杂性尿路感染，需要做中段尿培养，根据药物敏感试验的结果选用有效的抗生素，疗程在四周左右。对于女性尿路感染，老年女性病人还需要补充雌激素，因为雌激素的缺乏可以造成女性尿路上皮保护机制的损害，会造成反复泌尿系感染的发生。