甲沟炎必须要看其感染的情况，决定使用的抗生素。如果是局部的化脓性感染，通常都是以革兰氏阳性菌感染为主，这种情况一般可以应用第一、第二代头孢类抗生素，或者阿莫西林、红霉素等药物。
如果是局部没有化脓，只是感觉有深部的感染，可以应用广谱的抗生素，以治疗革兰氏阴性菌为主，可以应用第三代头孢类抗生素或者喹诺酮类抗生素。
如果合并灰指甲，例如指甲变灰、变白，而且指甲变形的情况下，有可能合并真菌感染。这种情况除了口服抗生素之外，还必须要吃抗真菌的药物，常用的是特比萘芬片、伊曲康唑或者氟康唑等抗真菌的药物。