重症肌无力的药物治疗包括胆碱酯酶抑制剂，以及免疫抑制剂药物治疗。胆碱酯酶抑制剂是所有重症肌无力患者的一线用药，不仅改善症状明显，还适用于新近诊断的患者初始治疗用药。此外，还可以单独用来长期治疗轻型的重症肌无力患者，每位患者的乙酰胆碱制剂的用量是有所不同的，使用时需要按照医生的医嘱严格的服用。这类药物也有一些不良的反应，患者可以出现恶心、呕吐、胃肠痉挛、心动缓慢等的副作用。
免疫制剂包括糖皮质激素，是治疗重症肌无力的二线用药，能让70%-80%的患者症状得到明显的改善。不过在应用糖皮质治疗期间，需要密切观察病情变化。此外，硫唑嘌呤、环孢素A等都可以作为免疫抑制剂的药物治疗。新型的他克莫司、环磷酰胺都可以属于这一类的药物，包括吗替麦考酚酯，也属于免疫抑制剂的药物，可以用于治疗重症肌无力的药物。