沙眼是由衣原体感染导致的衣原体性的结膜炎，所以要用药物来把衣原体杀灭，局部可以用眼药水和眼药膏，比如利福平眼药水、四环素眼药膏等等这些可以杀灭衣原体的眼药。另外，也可以口服抗生素类的药物，比如四环素、米诺环素等等，这些都是对衣原体有效的。因为它是接触传染，所以不要经常用手揉眼睛。
沙眼严重的时候会有眼部的并发症，比如眼睑的内翻、倒睫，或者是角膜血管翳等等，内翻、倒睫有的时候可以通过手术来治疗。角膜血管翳，如果太严重影响了视力，有的时候可以通过角膜的治疗，比如角膜的移植等等都可以。
总之，沙眼衣原体传染性比较强，所以一定要注意，不要互相传染，还有要按时、足量用药，因为短时间用药可能不太容易痊愈，要长时间、足够剂量的用抗衣原体的药物，这样才能够达到根治。