急性肾盂肾炎由于致病菌大多为大肠埃希菌，所以药物应选用针对革兰氏阴性杆菌的药物。病情较轻的患者可以口服用药，常选的药物有喹诺酮类如左氧氟沙星；半合成青霉素类如阿莫西林；还有头孢菌素类如头孢呋辛类等药物，对于感染严重的患者可用静脉用药。在发热，热退后继续用药3天再改为口服抗生素，总体的疗程为2周，对于发热治疗72h后发热仍无明显好转的患者，就需要考虑更换抗生素了，同时患者还可以留取中段尿细菌培养，根据药敏结果来调整治疗方案。一般情况下大多数急性肾盂肾炎的患者，在经过足疗程抗感染治疗后可取得痊愈。