淋病奈瑟菌主要会引起淋病，是一种很常见的性传播疾病，致病因素与本身的细菌结构，包括含有的毒素和酶类都有关系。淋病双球菌是革兰氏阴性细菌，对于单层柱状上皮和移行上皮细胞的黏膜有特殊的亲和力，所以比较常见的是侵犯男性、女性的尿道，还有女性的宫颈部位。
可以通过菌毛和上皮细胞结合，然后在局部繁殖，并且可以沿着泌尿生殖道上行，进入到黏膜下层引起炎症反应。淋球菌含有的内毒素，还有外膜的脂多糖，可以刺激机体，诱导中性粒细胞聚集，引起局部急性的炎症和化脓，这就是典型的淋病症状。另外有的含有耐药酶，可以使其对青霉素等抗菌素产生抵抗。