艾滋病的晚期由于免疫功能的丧失，可以造成多种机会性感染，出现多系统的疾病，导致多脏器衰竭而死亡，或者由于恶性肿瘤导致全身的消耗衰竭而死亡。艾滋病的发病机制是HIV病毒损伤人体的免疫系统，主要是以人体免疫系统当中最重要的CD4＋T淋巴细胞为攻击目标，造成人体的免疫丧失。
初期潜伏期时可以没有任何临床症状，进入艾滋病期时可以出现早期的乏力、厌食、虚弱、盗汗、体重下降。随着病情的逐渐延长，免疫功能的逐渐下降，出现肺结核、带状疱疹、口腔念珠菌感染，及病原微生物引起的肺炎、肠炎、脑炎等。