百日咳的治疗，首选的抗生素应该是大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、罗红霉素、红霉素或者克拉霉素等等。一般卡他期的时候使用能够减轻，甚至不发生痉挛性咳嗽。进入痉挛期后应用抗生素，则不能缩短百日咳的临床过程，但是可以缩短排菌期，同时可以预防继发的细菌感染。
我们还可以辅助中药治疗，也可以配合进行雾化吸入治疗，雾化吸入主要是以布地奈德和特布他林。如果痰液比较多的时候，可以选择乙酰半胱氨酸进行雾化吸入。