肛周脓肿术后并发症和病情发展程度有关系，并发症也有轻有重。肛周脓肿一旦诊断明确，必须及时进行手术治疗，手术治疗可能的并发症有：
一、肛瘘，肛周脓肿在行切开引流术后常形成肛瘘，肛瘘的症状是反复感染、肿胀、疼痛、破溃、流脓，肛瘘一旦形成自愈的机会极少，并有一定危害，如肛门疼痛、肛门瘙痒、肛周湿疹等。肛瘘瘘口、瘘管可能增加，形成复杂性肛瘘给治疗带来困难，所以一旦明确为肛瘘形成，需要尽早手术治疗。
二、术后出血，术后瘢痕没有弹性、质地发硬、大便干燥，排便用力时摩擦、撑破瘢痕出血。
三、术后肛门部疼痛不适，因为肛门部神经丰富敏感，术后瘢痕组织与正常组织不一样，可能有疼痛不适的症状，尤其是排便、久坐时明显。
四、术后肛门狭窄，肛周脓肿比较严重时创面比较大，术后恢复肛门瘢痕比较明显，可能会出现一定程度的狭窄，或者有些患者的体质容易引起瘢痕性狭窄。