器质性疾病是由于病变造成的器官和组织实质性损伤，引起炎症、坏死等反应，通常需要一定时间的治疗，受损的机体功能才得以恢复或遗留一定的不可逆损伤。
功能性疾病多是指器官组织本身没有实质性损伤，但存在神经调节紊乱，从而引起功能的异常。常见的器质性疾病，如细菌性肺炎、急性胃肠炎多为可逆性疾病，冠心病、糖尿病则是不可逆性器质性疾病，比较常见的功能性疾病，如肠易激惹综合征、心脏神经官能症等，这些疾病器官本身没有损伤性病变，但却能表现出类似器官受损的症状。