目前肛瘘的治疗主要有两种方法：1、堵塞法；2、手术治疗。堵塞法是将窦道用生理盐水冲洗干净后，用生物蛋白胶将其外口注入，一般这种治疗方法虽然没有明显的创伤，没有痛苦，但是治疗效果一般比较差。
手术治疗，可以通过瘘管的切开、挂线疗法，根据高位肛瘘还是低位肛瘘来进一步选择。如果是高位肛瘘一般选择挂线疗法，如果是低位的肛瘘可以选择瘘管的切开术。具体选择什么样的治疗，建议还是到正规专科医院系统的检查，明确肛瘘的诊断，再根据不同类型的肛瘘，通过专业医师的选择进行规范的治疗。