新生儿食道畸形往往以先天性的食道闭锁，伴气管食管瘘最多见，目前病因不明，和食管、气管的同步起源密切相关。因为食管在发育的过程中，要经过一个实质性改变的阶段，有管内的上皮细胞繁殖、增生，先是管腔闭塞，以后再有空泡形成，逐渐融合，再将食管进行贯通，形成一个空心管，所以在胚胎的前八周之内，如果分离或者空化不全，就可能引起不同类型的畸形。
有些也认为和血管的异常有关，比如前肠的血供应减少而导致闭锁，也有部分和遗传中染色体病变有关，常合并有18三体综合征、13三体综合征、21三体综合征。