毛囊炎通常是由细菌或真菌感染毛囊所引起的炎症性皮肤病，如果是轻度的毛囊炎可以选择外用药物治疗为主。
普通的细菌性毛囊炎可以选择抗菌药膏，常见的有百多邦软膏、夫西地酸乳膏、多粘菌素B软膏、氧氟沙星软膏等。比较严重的要联合使用口服的抗菌素，包括头孢和青霉素类的抗菌素等。
还有毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌毛囊炎，这个使用抗细菌的药物通常效果不佳，可以选择抗真菌的药物进行治疗，常见的包括酮康唑软膏、联苯苄唑软膏、咪康唑软膏、特比萘芬软膏等等。
这些药膏治疗真菌性毛囊炎更加的对症，效果更好。