肠炎溃疡要判断肠道溃疡的具体原因，根据其病因来采取有针对性的治疗。如果是因为免疫功能紊乱导致的溃疡性结肠炎，可以通过口服美沙拉嗪以及激素类药物来进行治疗，尤其是在急性发作期要通过激素治疗。如果激素治疗效果不明显，或者有激素依赖，可以通过免疫抑制剂来进行治疗，美沙拉秦是治疗溃疡结肠炎的主要药物，还可以口服益生菌以及保护肠道黏膜的药物来进行治疗。
如果是其他因素导致的肠道溃疡，比如药物损伤，或者刺激性食物导致的肠道溃疡，或因为干燥大便刺激肠道导致局部的溃疡。要从去除病因方面着手，如果是药物因素导致的溃疡，要停止服用有刺激性的药物，比如阿司匹林或者解热镇痛的药物，或一些中成药，还可以口服保护胃黏膜胃肠道黏膜的药物，比如复方谷氨酰胺胶囊及益生菌，来修复肠黏膜。在饮食上要清淡饮食为主，避免有刺激的食物影响溃疡的愈合。