HPV疫苗三针间隔的时间可以记为1、2、6，即第1、2、6个月进行注射。
第一针第1个月注射，避开月经期即可，当然最好不要在哺乳期或妊娠期以及感冒发烧时注射。第二针疫苗是在第一针注射以后的2个月注射，一般不超过3个月。该时间可自行规划，避开月经期以及感冒、发烧或其它尿路感染情况即可。第三针是在第二针以后的半年以后，也不要超过8个月，即6-8个月之内打。总体来说，HPV疫苗目前就欧美和澳大利亚的研究资料显示，其可以达到5-10年的免疫效果。至少在5年以后，长的可以到10年后再来接种一次HPV疫苗，可以有效预防宫颈癌。
在接种HPV疫苗过后，建议患者先观察半小时后再离开，避免可能会产生的一些副作用。比较常见的反应如头痛、发热、注射部位肿胀等症状，这些症状都为轻度或中度，在短期内会自行缓解。