CT薄层扫描的层厚是5mm，也可以利用重组层厚技术或者三维重建技术，把层厚变得更薄，可以达到3mm甚至是1mm。
正是由于层厚比较薄，可以减少部分容积效应，并且提高空间分辨率，所以薄层CT多用于观察比较微小的病灶，或者比较小的组织器官。
常用的是肺部小结节的薄层扫描，特殊部位，比如脑垂体、眼眶、内耳以及肾上腺等，也可以做薄层扫描。
薄层扫描也有一定的缺点，就是辐射的剂量会相对高，所以普通患者常规体检只需要做普通CT就可以，如果有问题时再做薄层扫描。