女性肾囊肿平时应该注意定期复查，如果患者出现症状应及时治疗。女性肾囊肿应该鉴别是单发性肾囊肿还是多发性肾囊肿，单发性肾囊肿是肾小管憩室造成的，多发性肾囊肿是先天性、遗传性因素造成的。
如果患者没有其他任何症状，化验检查均正常，无论是单发性还是多发性肾囊肿都应该定期随访，暂时不予治疗，半年到一年复查一次查肾功能、肾脏彩超等。
如果女性为多囊肾患者，出现肾功能异常应该保护肾功能，若肌酐过高可以给予透析治疗。
如果女性为单发性肾囊肿患者，肾囊肿体积过大压迫输尿管，引起肾脏积水，这时可以给予手术治疗。