抑郁症引起的原因目前还不是很清楚，大致有以下几个方面的原因：
第一、遗传：一级亲属患抑郁症的概率是一般人群的2-4倍，影像学发现这些患者脑室扩大、脑沟增宽、小脑萎缩。
第二、神经内分泌方面的因素：像下丘脑-垂体-肾上腺轴在抑郁症发作的时候，可以出现糖皮质激素昼夜分泌节律的改变。
第三、神经生化机制方面：中枢神经递质会有变化，抑郁症患者中枢神经递质和内稳态功能失调，像5-羟色胺功能活动水平的下降与抑郁症发作有关系，多巴胺在抑郁症中也起了一定的作用，增强多巴胺功能的药可以缓解抑郁症状，还有中枢兴奋药，像苯丙胺、利他林可以提高情绪。
第四、其他：还有其它像神经免疫学的改变，睡眠、脑电生理方面有异常，抑郁症患者可以出现快运动潜伏期的缩短，脑电图发现脑电振幅与抑郁症的严重程度呈负相关。