H1N1型流感病毒属于正黏液病毒科甲型流感病毒属，遗传物质为单股负链RNA，包含八个基因片段，其病毒结构与其他甲型流感病毒相似。甲型H1N1流感病毒与以往的流行的季节性流感病毒不同，该病毒是一种新变种的病毒，包含有禽、猪、人流感三种流感病毒的基因片段，是人流感、猪流感病毒、禽流感病毒通过感染猪发生基因重组后形成的混合体。
甲型H1N1流感病毒在人与人之间传播，患者和无症状感染者为传染源，人可传染给猪，但目前尚无动物传染人的证据。主要通过飞沫经呼吸道传播，也可通过呼吸道分泌物、体液和被病毒污染的物品直接或间接传播，不会通过猪肉类产品传播，也不会通过食物传播，通过气溶胶经呼吸道传播的途径有待进一步确证。人群对H1N1型流感病毒普遍易感，新型H1N1病毒重症患者主要以青年人居多，肥胖或病态肥胖者更易发展为重症。