如果发生了甲真菌病必须针对真菌进行治疗，比如甲部必须保持清洁、干燥，同时避免任何刺激性的因素，比如葱、姜、蒜等食物必须避免，还必须要坚持清淡的饮食，应用抗真菌药进行外用以及口服等治疗。
采用的抗真菌药包括酮康唑、益康唑等进行涂抹，还可以应用伊曲康唑等抗真菌药进行口服。如果发生了细菌感染必须先予以抗感染治疗，如采用四环素类或者大环内酯类抗生素。
如果发生了真菌感染，治疗周期必须坚持至少2-4周以上，防止抗真菌治疗后由于疗效不彻底导致容易复发。