扁桃体结石也就是扁桃体窝内的干酪样脓栓，是长期扁桃体慢性炎症导致。由于扁桃体慢性炎症存在，扁桃体隐窝内大量脱落上皮细胞、淋巴细胞、白细胞和原存在于扁桃体隐窝内的细菌共同混合成脓栓，当扁桃体隐窝内的脓栓时间久后，水份吸收及蒸发形成结石，呈颗粒状或团块状，但可以用小镊子取出。扁桃体结石需要和扁桃体角化症相鉴别，扁桃体角化症主要是扁桃体隐窝口上皮过分角化而形成，并在扁桃体隐窝口有点状、质硬似砂粒状的白色物，与其下组织粘连紧密，很难擦试除，如果强行擦试，可引起下面的组织损伤并出血，角化物还可存在于咽喉部黏膜上。