腮腺混合瘤的病因目前还不是很明确，通常认为腮腺混合瘤的发生是多种因素综合作用的结果，有研究发现腮腺混合瘤和放射线有一定的关系，腮腺混合瘤可以是放疗后的并发症。
此外，还有研究报道维生素A的缺乏，可能是导致腮腺混合瘤发生的重要因素，某些致肿瘤病毒，也可能会引起腮腺混合瘤的产生。除了以上这些因素之外，还有文献报道腮腺混合瘤的发生，与长期暴露在烟雾、灰尘当中和接触到化学品的职业有一定关系，还有人认为遗传因素在腮腺混合瘤的发生中，也会起到一定的作用。