泌尿系统结石的形成，是由一系列的因素所导致的，如尿中的晶体物质浓度升高或者过饱和，造成晶体的析出，在局部积累生长，最终形成肉眼可见的结石。
结石的形成原因有年龄、性别、种族、遗传、环境、饮食、职业等各种因素都是可能会相关的，机体的代谢异常，比如甲状旁腺功能亢进会导致血氨升高，容易形成结石。皮质醇增多症，也可以导致结石形成。高血糖、长期卧床、营养素的缺乏比如维生素B6缺乏、镁离子缺乏，还有尿路梗阻、泌尿系统感染、泌尿系统有异物，以及使用特殊药物，都是形成结石的常见病因。
目前临床上比较常见的结石成分，主要是草酸钙以及含钙的结石，比如磷酸镁胺钠、尿酸类结石，如碳酸钙、谷氨酸等各种成分的结石。