下肢深静脉血栓最佳的治疗时间主要是在血栓早期，一般情况下是越早越好，最晚不要超过血栓的急性期。对于血栓的治疗先要进行制动，下肢不要活动。因为下肢活动的时候，有可能会导致血栓的脱落引起肺栓塞。
再有是将下肢病变的腿抬高，高于心脏的水平，这样有利于静脉血液的回流，所以病人的症状会减轻，给予溶栓药物、抗凝药物这样综合性的治疗。如果有血栓脱落的风险，需要进行下腔静脉滤器的置入来避免肺栓塞发生。